UCSC Genome Browser(genome.ucsc.edu)由加州大学圣克鲁兹分校开发,是广泛使用的在线基因组可视化与注释平台。
它以“轨道(tracks)”形式,在全基因组尺度上叠加展示基因预测、mRNA/EST 比对、SNP 与变异、表达与调控、比较基因组学等多源注释,便于快速比对与假设验证;支持从整条染色体到单个碱基的缩放。配套Table Browser可查询、过滤与下载底层数据;用户可上传Custom Tracks叠加自有结果,并以Saved Sessions保存与共享视图。
工具集还包括BLAT快速序列定位,以及对BAM/bigWig/bigBed等高通量测序索引格式的高效渲染;兼容BED/GFF/VCF等,常见物种与多版本基因组装配持续更新,并长期保留旧版与提供坐标转换(liftOver),确保分析可复现与可比对。